Sebagai bagian dari upaya untuk memperbaharui citra UIN Sunan Kalijaga, sejak tahun 2010 dilakukan perubahan lambang dan logo universitas. Lambang dan logo yang baru adalah sebagai berikut.
Bentuk dasar lambang dan logo adalah bunga matahari dengan satu tangkai dan dua lembar daun. Kelopak bunga diwujudkan dalam bentuk ornamen klasik bercorak Islam. Helai daun sebelah kiri visualisasi huruf ‘U’, tangkainya huruf ‘I’ dan daun sebelah kanan huruf ‘N’ sehingga dapat dibaca U-I-N.
Lambang bercorak bunga menyerupai simbol jaring laba-laba kesalingterkaitan dan keterhubungan antara sains dan agama yang terpatri dalam ikon mozaik pada dinding luar gedung bangunan UIN—diambil dari ornamen pada dinding Istana Alhambra masa Khalifah Bani Umayah di Granada, Spanyol yang mencakup wilayah perbukitan. Istana Alhambra selesai dibangun pada abad ke-14, periode Muhammad Yusuf, 1333-1353 dan periode Muhammad V, Sultan Granada, 1353-1391 pada masa Dinasti Nasar/Daulah Ahmar (1232-1492). Seni ornamen tersebut memberi banyak pengaruh berbagai bangunan di Timur dan Barat. Perpaduan Timur dan Barat ini (La syarqiyyah wa la gharbiyyah) dapat dimaknai sebagai visi dan misi UIN yang ingin menepis dikotomi keilmuan menuju integrasi dan interkoneksi bidang keilmuan menuju keunggulan peradaban.
Motif ornamen merupakan perpaduan cita rasa seni tingkat tinggi dari budaya Islam di Timur Tengah dan budaya Eropa di Barat sebagai simbol integrasi-interkoneksi. Bila dicermati, beberapa ornamen pada bangunan UIN telah mengaplikasikan penggunaan dua buah bentuk 4 persegi sebagai unsur dasar pembentukan ornamen tersebut.
Visual bunga dipilih sebagai bentuk dasar logo karena merupakan simbol keindahan, keharuman, keserasian, keseimbangan dan kebaikan. Allah SWT menyukai keindahan dan keharuman sebab Allah SWT maha indah dan maha harum. Hal ini menyiratkan UIN selalu membawa kesejukan dan keindahan bagi lingkungan sekitar serta keharuman dalam memainkan seluruh kiprahnya. Hal ini juga dapat dimaknai bahwa UIN Sunan Kalijaga benar-benar bermaksud hendak menanamkan spirit dan karakter kemanusiaan yang bersifat rahmatan lil ‘alamin.
Kelopak bunga berwarna kuning emas diambil dari jenis logam mulia, menunjukkan kemewahan, kehormatan, kemuliaan, kekekalan, keabadian, kesetiaan dan pengabdian. Menyiratkan ketajaman pikiran, keagungan cita, keluhuran budi, kecemerlangan pikiran dan muatan spiritualitas menuju UIN Sunan Kalijaga yang unggul dan terkemuka. Kemewahan dan kekayaan diwujudkan dalam bentuk kedalaman ilmu, kekayaan budi pekerti, kematangan diri dan kearifan budaya lokal. UIN Sunan Kalijaga hendak menjadi unggul dan terkemuka, namun tetap santun dan rendah hati.
Warna hijau pada daun melambangkan kontinuitas, kesegaran, kealamiahan dan pembaharuan. Hijau merupakan simbol harapan, pertumbuhan, kelahiran, kemakmuran, kesuburan dan regenerasi melalui berbagai inovasi tiada henti.
Hijau memiliki sejarah kontinuitas bagi transformasi UIN Sunan Kalijaga. Hijau juga memuat pesan religius, sebab dalam surat Al-Insan (76) : 21 dan Al-Kahfi (18) : 31 dikabarkan penghuni surga mengenakan pakaian berwarna hijau.
